Zapálili Řím a odnesli to křesťané...
Největších úspěchů dosáhli Židé v pronásledování křesťanů když na trůn římských císařů dosedl roku 64 po Kr. Nero. V Římě, ve čtvrti v níž měli Židé své obchody, vypukl požár. Podle římských zákonů měli býti odpovědni a potrestáni Židé jako obyvatelé čtvrti v níž požár vypukl. Odvrátili od sebe nebezpečí trestu tím, že obvinili ze žhářství křesťany. Stoupenkyně a přívrženkyně Židů Pappeja, Neronova milenka, přesvědčila císaře o vině křesťanů. Vlny nejstrašnějšího teroru se přivalily na křesťanský svět, a spláchly také apoštoly Petra a Pavla, vůdce a budovatele církve Kristovy. Židé jásali, církev byla zbavena svých vedoucích. Křesťanský svět byl zaplaven řekami krve mučedníků. Křesťanství bylo zahnáno do podzemí.
To také nejvíce zmátlo farizeje kteří myslili, že nadešla doba aby se postavili proti Římu. Zatím se však splnila předpověď Kristova, a na Jeruzalém se přivalila pohroma. Vinou farizejů dychtících po politické moci a vládě v Palestině, jež by nebyla omezována žádnou jinou mocí světskou. V lůně farizejského tábora se utvořilo silné radikální křídlo které v domnění, že moc Říma je již oslabena, vyvolalo veliké povstání. Z počátku bylo úspěšné, a Římané byli vyhnáni ze židovské země. Ne na dlouho – vrátili se vedeni Titem, synem Vespasianovým, a oblehli Jerusalém přeplněný v době Velikonoční věřícími. Město bylo dobyto a jedna třetina židovského národa byla vyhlazena. Chrám byl od základů zbořen a nezůstal kámen na kameni, jak předpověděl Kristus.
Farizejové se skryli, opustili nešťastný národ, a teprve až se bouře přehnala, objevili se znovu aby těžili ze situace a neprozíravosti Římanů. V Jaffě znovu utvořili Synedrion a Akademii, která provedla novou politickou organizaci židovského národa. Z počátku farizejové působili jedině prostřednictvím svých tajných organizací, ale záhy dosáhli i veřejného uznání své vlády. Pohroma roku 90 je nezastrašila. Roku 115 vypuklo částečné povstání v Judeji které potlačil vojevůdce Trojanus. V Egyptě vyvraždili Židé na 200.000 křesťanů i pohanů, na Kypru na 240.000, a v Mesopotamii vzdorovali několik měsíců římským legiím. Nakonec se Řím rozhoupal a roku 134 vyslal císař Hadrian proti samozvanému králi židovskému Barkochelu, prohlášenému Josefem ben Akibou za Mesiáše, vojevůdce Julia Severa jehož povolal z Britanie. Jerusalém byl dobyt a znovu rozbořen. Ale ani tentokrát to neznamenalo konec farizejské vlády. V Tiberiádě opětně ožil Synedrion a jeho předsedové, patriarchové židovského národa, postupně nabyli bývalé moci, a jejich vláda nad Židy byla ve III. století uznána dokonce císařskými výnosy. Synedrion trpěl i první křesťanský císař Konstantin veliký, a Julianus Odpadlík nazýval židovského patriarchu svým bratrem. Patriarchové tiberiadští měli právo dozoru nad všemi synagogami v Římské říši, vybírali daně, jmenovali stařešiny národa (tzv. rošaboty), kteří byli správci synagog, vykonávali nejvyšší pravomoc soudní, a vynášeli všechny rozsudky vyjma rozsudků smrti. Když posléze křesťanští císařové začali omezovat a rušit výsady patriarchů, Synedrion se odstěhoval do Babylonu, kde setrval až do roku 1005. Zde byl také byl sepsán Talmud v jazyce chaldejském, kdežto starší Talmud jeruzalémský je psán arabsky. V Babyloně vznikla také myšlenka utvoření tzv. dynastie „knížat vyhnanství“, potomků z rodu Judy, z nichž také pocházela dynastie judejských patriarchů. Vláda Synedrionu, sboru sedmdesátičlenného, byla příliš těžkopádná, a proto farizejové přišli s myšlenkou nastolení vlády těchto „knížat vyhnanství“. Synedrion zůstal jakýmsi poradním sborem knížete.
Rod Sassanidů, který v oné době vládl v Babyloně, zpočátku knížata vyhnanství podporoval. Když však bylo zjištěno, že se Židé spolčili proti perské vládě s Araby, počali je babylonští vládcové pronásledovat. Ale ani Arabům se Židé nezavděčili, třebas jim dopomohli k vládě nad Babylonem. Kalif Kader Billah dal posledního knížete vyhnanství Ezeklia roku 1005 oběsit a rozehnal Synedrion když viděl, že kuje proti arabské vládě stejné pikle, jako činil dříve proti vládě perské.